История военных судов непосредственно связана с историей и развитием нашего государства. Наиболее значимым для образования военных судов являлся период правления Петра I, ознаменовавшийся стремлением разделения властей, созданием в России регулярной постоянной армии и появлением специальных военно-судебных и военно-уголовных законов. В 1702 г. появилось «Уложение или право воинского поведения генералов, средних и младших чиной и рядовых солдат», которое обеспечивало необходимо правосудие в действующей армии на началах, подобных разделению властей. В 1706 г. на базе немецкого военно-уголовного кодекса был издан Краткий артикул А. Меньшикова, в котором военно-судебный аспект был представлен более отчётливо и полно. В 1715-1716 гг. поэтапно был введён в действие разработанный при личном участии Петра I «Воинский устав», который стал эпохой в деле становления российской государственности и армии, а также создания новых военных судов. Согласно Военному уставу были предусмотрены коллегиальные военные суды трёх видов: высший (генеральный) суд; низший (полковой) суд; «скорорешительный суд» - для условий военного времени в случаях, не терпящих отлагательств.

Петровские военные суды без серьёзных изменений в структуре и судопроизводстве просуществовали до военно-судебной реформы 1867 г. В ходе государственных преобразований Александра II, начиная с 1867 г., военные суды в России стали создаваться на профессиональной основе как постоянно действующие.

В 1918 году при всех фронтах и действующих армиях были учреждены военные трибуналы, после чего приказом Реввоенсовета республики был образован Революционный военный трибунал Республики, который 8 декабря 1918 года провёл первое распорядительное заседание. Данная дата вошла в историю как день образования военных трибуналов.

21 апреля 1992 года в связи с изменением и дополнением Конституции РСФСР решено военные трибуналы именовать военными судами.

Значительным событием в истории российских судов стало принятие 23 июня 1999 года Федерального конституционного закона «О военных судах Российской Федерации». Данный закон в большей степени интегрировал военные суды в систему судов общей юрисдикции, предусмотрел гарантии их самостоятельности и независимости при отправлении правосудия.

В соответствии с директивой Генерального штаба от 13 декабря 1953 года в Северо-Кавказском военном округе образован военный трибунал Орджоникидзевского гарнизона в составе 6 военнослужащих и 3 служащих Министерства обороны.

Директивой заместителя Министра обороны СССР от 18 декабря 1990 года военный трибунал Орджоникидзевского гарнизона Северо-Кавказского военного округа с 1 июля 1991 года переименован в военный трибунал Владикавказского гарнизона.

В соответствии с приказом Председателя Верховного Суда Российской Федерации от 9 декабря 1999 года № 435 суд вновь переименовывается и именуется в дальнейшем как «Владикавказский гарнизонный военный суд» с численностью 7 военнослужащих и 7 человек гражданского персонала. Адрес: г. Владикавказ, ул. пр. Коста, д. 166.

В июле 2017 года Владикавказский гарнизонный военный суд переезжает в новое здание по адресу: г. Владикавказ, пр. Коста, д. 32/34, где по сегодняшний день осуществляет свою работу.